Assurer la santé des écosystèmes aquatiques et la salubrité de l'eau au Canada, c'est, notamment, mesurer la qualité de l'eau en prélevant et en analysant des échantillons. Cette activité s'appelle le suivi.

Le suivi nous aide à évaluer la salubrité de l'eau pour l'usage humain ainsi que la qualité de l'eau des lacs et des cours d'eau pour les plantes, les poissons et les espèces sauvages. ll est possible de déterminer par des tests et des analyses les diverses caractéristiques physiques, chimiques et biologiques des échantillons d'eau, qu'ils proviennent des eaux de surface, des eaux souterraines ou du robinet.

Sur place, on peut effectuer de nombreuses mesures, comme la température, le pH (l'acidité), la concentration d'oxygène dissous ou les matières en suspension. Les échantillons sont retournés pour analyses chimiques au laboratoire, où l'on peut vérifier s'ils contiennent des métaux, des éléments nutritifs en trop grande quantité (issus notamment des engrais), des pesticides ou d'autres substances. On peut aussi effectuer des tests biologiques pour déceler des pathogènes microbiologiques, des bactéries, des virus ou d'autres organismes microscopiques causant maladies et infections. Des indicateurs biologiques, tels que les invertébrés benthiques, peuvent également servir à évaluer la qualité de l'eau.

Les types de mesures effectuées varient en fonction des buts du programme de surveillance et des renseignements recherchés.

Les chercheurs et les gestionnaires de l'eau comparent les résultats des programmes de surveillance aux Recommandations pour la qualité de l'eau afin de déterminer si les concentrations des substances retrouvées dans l'eau sont sans danger. Lorsque la surveillance se déroule sur plusieurs mois ou plusieurs années, elle peut révéler l'amélioration ou la détérioration de l'eau. Ainsi, nous savons si les programmes de prévention de la pollution, de traitement et de décontamination sont efficaces.

Au Canada, les activités de surveillance de la qualité de l'eau sont menées en collaboration par les gouvernements fédéral, provinciaux et territoriaux, les municipalités, les universités, les associations de bassin, les groupes écologistes et des bénévoles. En général, les provinces se chargent de la majeure partie de la surveillance de la qualité de l'eau à l'intérieur de leurs frontières. Le suivi dans les plans d'eau qui chevauchent des frontières provinciales et internationales (comme les Grands Lacs) et dans d'autres secteurs de compétence fédérale (c.-à-d. les territoires, les parcs nationaux et autres terres fédérales) relève du gouvernement fédéral. Les autorités municipales sont généralement responsables du suivi de l'eau utilisée à des fins récréatives. La surveillance de l'eau du robinet provenant des réseaux de distribution municipaux est aussi habituellement effectuée par les autorités municipales, souvent en collaboration avec les organismes provinciaux.

En 1974, la Régie des eaux des provinces des Prairies a élaboré un programme pour la qualité de l'eau dans les cours d'eau interprovinciaux s'écoulant vers l'Est.

En 2006, le CCME a rendu public le document « Un cadre pancanadien pour la surveillance de la qualité de l’eau ». Le cadre vise à guider les gouvernements dans l’élaboration et la mise en oeuvre des programmes de surveillance de la qualité de l’eau au Canada.